![\"\"](\"https:\/\/ita-suomenbiopankki.fi\/wp-content\/uploads\/sites\/27\/2019\/09\/P\u00e4iv\u00e4-ITss\u00e4-kuva1.png\")
<\/p>\nIt\u00e4-Suomen Biopankki tallettaa suostumuksen antaneiden henkil\u00f6iden n\u00e4ytteit\u00e4 ja niihin liittyvi\u00e4 tietoja. N\u00e4ytteit\u00e4 luovutetaan terveytt\u00e4 edist\u00e4v\u00e4\u00e4n tutkimukseen sek\u00e4 terveydenhuollossa ja sairaanhoidossa k\u00e4ytett\u00e4vien tuotteiden ja palvelujen kehitt\u00e4miseen. Kyseisist\u00e4 n\u00e4ytteist\u00e4 ker\u00e4\u00e4ntyy paljon tietoa, jota varastoidaan tietokantaan. T\u00e4ll\u00e4 tiedolla ei kuitenkaan ole mit\u00e4\u00e4n merkityst\u00e4, jos siit\u00e4 ei osata k\u00e4sitell\u00e4 ja ymm\u00e4rt\u00e4\u00e4, siksi It\u00e4-Suomen biopankilla on tietoteknikot, eli IT.<\/p>\n
IT hy\u00f6dynt\u00e4\u00e4 erin\u00e4isi\u00e4 tietokantojen k\u00e4sittelyyn ja data-analyysiin soveltuvia koodikieli\u00e4 suurien tietom\u00e4\u00e4rien kartoittamiseen. Me emme ainoastaan etsi ja esit\u00e4 tietoa, vaan my\u00f6s jalostamme sit\u00e4. Suunnittelemme tietokantoja, koostamme tietokannoista m\u00e4\u00e4ritt\u00e4v\u00e4\u00e4 tietoa, sek\u00e4 teemme esiselvityksi\u00e4. T\u00e4ss\u00e4 blogissa kuvaan tyypillist\u00e4 ty\u00f6p\u00e4iv\u00e4\u00e4ni tutkimusapulaisena It\u00e4-Suomen Biopankin IT:ss\u00e4.<\/p>\n
Aloitan ty\u00f6p\u00e4iv\u00e4ni noin puoli kahdeksan aikoihin. Ty\u00f6pisteeni on \u201dsivulabrassa\u201d, jossa minun lis\u00e4ksi ty\u00f6skentelev\u00e4t tutkimushoitajat Ulla ja Pauliina, sek\u00e4 suunnittelija Sami. Toisinaan biopankin laboratoriohoitajat vierailevat sivulabrassamme mittaamassa n\u00e4ytteiden DNA-pitoisuuksia, muuten he k\u00e4sittelev\u00e4t biopankkin\u00e4ytteit\u00e4 varsinaisessa laboratoriossa.<\/p>\n
Tarkistan ensin s\u00e4hk\u00f6postini. Kokeneelta tietoteknikolta, Timolta, on saapunut viesti, jossa h\u00e4n kertoo tuovansa iltap\u00e4iv\u00e4ll\u00e4 uuden tietopaketin k\u00e4sitelt\u00e4v\u00e4kseni. S\u00e4hk\u00f6postien lukemisen j\u00e4lkeen ryhdyn k\u00e4sittelem\u00e4\u00e4n aiempaa tietopakettia. Suurten tietom\u00e4\u00e4rien k\u00e4sittelyyn soveltuvalla Python koodikielell\u00e4 voin seuloa tehokkaasti tietoa sadoista tuhansista tietopaketin tekstisy\u00f6tteist\u00e4.<\/p>\n
Sami tekee asiakkaan pyyt\u00e4m\u00e4\u00e4 esiselvityst\u00e4, miss\u00e4 h\u00e4n hakee n\u00e4ytem\u00e4\u00e4ri\u00e4 tietokannasta. Sami hy\u00f6dynt\u00e4\u00e4 SQL koodikielt\u00e4, jolla h\u00e4n voi tarkkaan m\u00e4\u00e4ritt\u00e4\u00e4, kuinka paljon biopankilla on asiakkaan haluamia n\u00e4ytteit\u00e4. Haussa t\u00e4ytyy osata l\u00e4\u00e4ketieteellisi\u00e4 termej\u00e4, mik\u00e4 on yksi useista syist\u00e4, miksi biopankissa tarvitaan bioinformatiikkaa, eli biologian ja tietotekniikan soveltamista. Seuraamme satunnaisesti toistemme t\u00f6it\u00e4, sek\u00e4 jaamme ideoita ja neuvoja kesken\u00e4mme. P\u00e4iv\u00e4 on l\u00e4htenyt hyvin k\u00e4yntiin ja pian alkaa projektipalaveri, parasta ottaa kahvia mukaan.<\/p>\n
Palaverit ovat olennainen osa biopankkitoimintaa, sill\u00e4 biopankki koostuu tiettyihin teht\u00e4viin erikoistuneista ammattilaisista. Kyseiset ammattilaiset muodostavat omat sektorinsa biopankin henkil\u00f6kunnassa. N\u00e4iden sektorien v\u00e4linen kommunikaatio on v\u00e4ltt\u00e4m\u00e4t\u00f6nt\u00e4 biopankin toiminnassa. Kukin sektoreista my\u00f6s pit\u00e4v\u00e4t aika ajoin sis\u00e4isi\u00e4 palaverejaan. IT-palavereissa suunnittelemme ty\u00f6teht\u00e4vien sijoittamista ja IT-strategiaa.<\/p>\n
Palaveria seuraa lounas, jonka j\u00e4lkeen palaan takaisin ty\u00f6pisteelleni. Laadin ja m\u00e4\u00e4r\u00e4\u00e4n luokittelutietoja aikaisemmin seulomieni tekstisy\u00f6tteiden perusteella. Luokittelun p\u00e4\u00e4tteeksi katsastan koodini l\u00e4pi ja dokumentoin ty\u00f6prosessini silt\u00e4 varalta, jos minun tulee palata samankaltaiseen teht\u00e4v\u00e4\u00e4n tulevaisuudessa.<\/p>\n
Hyv\u00e4\u00e4 ty\u00f6t\u00e4 seuraa kahvitauko. Kahvihuone on erinomainen paikka vaihtaa kuulumisia muun biopankin henkil\u00f6kunnan kanssa. T\u00e4m\u00e4 pit\u00e4\u00e4 minut ajan tasalla biopankin tapahtumista paremmin kuin s\u00e4hk\u00f6postien lukeminen. Kahvin kohottamin mielin palataan taasen ty\u00f6pisteelleni. Yksi ty\u00f6ni viihdytt\u00e4vimmist\u00e4 osa-alueista on tiedon visualisointi, sill\u00e4 kaaviot kuvaavat selke\u00e4mmin suurta tietom\u00e4\u00e4r\u00e4\u00e4.<\/p>\n
<\/p>\n
Timo saapuu ty\u00f6pisteelleni antaakseen uuden tietopaketin k\u00e4sitelt\u00e4v\u00e4kseni. N\u00e4yt\u00e4n h\u00e4nelle aiemmin k\u00e4sittelem\u00e4ni tietopaketin tuloksia, joista vaihtelemme johtop\u00e4\u00e4t\u00f6ksi\u00e4 kesken\u00e4mme. Timo ottaa tulokseni talteen ja ryhdyn seulomaan uutta tietopakettia. Aika rient\u00e4\u00e4 ja p\u00e4iv\u00e4 on jo tullut p\u00e4\u00e4t\u00f6kseen. Muut ovat jo poistuneet illan askareisiinsa, joten sammutan sivulabran valot, lukitsen ovet ja l\u00e4hden kuntosalille.<\/p>\n
![\"\"](\"https:\/\/ita-suomenbiopankki.fi\/wp-content\/uploads\/sites\/27\/2019\/09\/P\u00e4iv\u00e4-ITss\u00e4-kuva2.png\")
<\/p>\n
Teksti ja kaaviot: Simo Ryh\u00e4nen<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
It\u00e4-Suomen Biopankki tallettaa suostumuksen antaneiden henkil\u00f6iden n\u00e4ytteit\u00e4 ja niihin liittyvi\u00e4 tietoja. N\u00e4ytteit\u00e4 luovutetaan terveytt\u00e4 edist\u00e4v\u00e4\u00e4n tutkimukseen sek\u00e4 terveydenhuollossa ja sairaanhoidossa…<\/p>\n","protected":false},"author":157,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-1311","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-uncategorized-fi"],"acf":[],"yoast_head":"\n